Dikisahkan oleh para sesepuh Desa Ngendut secara turun temurun, bahwa nama Desa Ngendut berasal dari kata Endut (bahasa jawa Tanah liat /lembek) yang artinya tanah yang berlumpur atau becek.

Menurut cerita, konon pada jaman Majapahit berkuasa di Ponorogo, Raja memerintahkan kepada bala tentaranya untuk memperluas wilayah kekuasaanya. Pada waktu bala tentara Majapahit menjajahi wilayah barat dalam perjalanannya banyak yang kecapean, lapar dan haus. Bala Tentara tersebut menemukan sumber air/belik, disekitar belik tersebut banyak pohon besar dan rindang suasana disekitarnya sangat sejuk. Bala tentara tersebut beristirahat dan mengambil air dan minum air untuk melepas rasa haus. Disekitar belik tersebut dikelilingi batu plataran, konon  ditempat ini untuk ritual bersih diri.

Kondisi tanahnya yang berlumpur dan becek, orang-orang menyebutnya tanah endut dengan keadaan tanah yang demikian. Kemudian dikenal wilayah ini dengan sebutan Ngendut, nama inilah yang akhirnya oleh nenek moyang diabadikan sebagai nama Desa Ngendut.

Daerah ini terkenal sangat subur dan banyak ikannya karena air sungai melimpah dan mampu untuk mencukupi kebutuhan para petani. Selanujutnya warga sekitar membuka lahan pertanian kearah barat sampai ke lereng gunung, selain bercocok tanam para petani juga banyak yang memelihara hewan ternak, sapi, kerbau dan kambing. Pada masa penjajahan, Belanda juga masuk ke Desa Ngendut dan meminta hasil pertanian berupa rempah-rempat dan juga hewan ternak.

Pada waktu Agresi  II Belanda menyerbu  Kecamatan Balong  yang pertama diserbu adalah Kantor Muspika Kecamatan Balong.

Pada akhirnya Kantor Muspika Kecamatan Balong dikosongkan dan secara diam – diam Muspika Kecamatan  Balong Membangun Kantor di Desa Ngendut, yang dipimpin oleh seorang  ONDER ( Camat ). Pada waktu itu Ondernya berasal dari Resimen Mahasiswa bernama BRIGADE JENDRAL BUDJONO .

Dari waktu kewaktu kegiatan Pemerintahan yang  ada di Desa Ngendut tercium  oleh  Compeni Belanda.

Pada akhirnya di pagi-pagi buta Kantor  Muspika yang dibangun di Desa Ngendut di obrak abrik oleh  Tentara Compeni Belanda, pada saat  itu Onder BUDJONO sedang  mandi dan ditembak oleh Tentara Belanda dan langsung  meninggal di tempat kejadian.

Oleh  Masyarakat Desa Ngendut Jasadnya di makamkan di Pemakaman  Gedhe Desa Ngendut. Tapi  stelah  Kemerdekaan RI Makam  Onder BUDJONO tersebut  dipindahkan ke Taman Makam Pahlawan.

Selanjutnya Kantor Muspika yang ada di Deesa Ngendut di kosongkan, dan untuk mengenang Jasa- jasanya maka Jalan Poros Desa Ngendut dinamakan Jalan BUDJONO.

Untuk  menjalankan Roda Pemerintahan di Desa Ngendut pada waktu itu dipimpin oleh  seorang  Palang  yang sekarang disebut Lurah ( Kepala Desa ).

Yang mempunyai Wilayah terdiri dari 3 (tiga ) Dukuh yaitu :

1. Dukuh Krajan
2. Dukuh Krawe
3. Dukuh Puhgading

Demikian kurang lebih cerita dari para sesepuh Desa Ngendut tentang Asal -usul terjadinya Desa Ngendut.

2.1.2 Sejarah Pemerintahan Desa Ngendut.

Adapun kepala Desa yang pernah menjabat di Desa Ngendut hingga sekarang adalah sebagai berikut:

1. KROMO TANI Masa Jabatan  (Tahun 1783 s/d 1818 )
2. JOYO KROMO Masa Jabatan  (Tahun 1818 s/d 1858)
3. SONO KROMO Masa Jabatan (Tahun 1858 s/d 1895)
4. NGALIMUN Masa Jabatan (Tahun 1895 s/d 1930 )
5. KARIYOREDJO Masa Jabatan (Tahun 1930 s/d 1969 )
6. PARMUN Masa Jabatan (Tahun 1969 s/d 1977)
7. TOIMAN Masa Jabatan (Tahun 1977 s/d 1984 )
8. MULYONO Masa Jabatan (Tahun 1984 s/d 2000 )
9. DAMUN Masa Jabatan ( Tahun 2002 s/d 2012 )
10. WADIYEM.S.Pd Masa Jabatan  (Tahun 2012 s/d 2018 )
11. WADIYEM.S.Pd Masa Jabatan  (Tahun 2018 s/d 2024 )

Pada masa lalu mengenai Pembangunan masih banyak yang  sipatnya Gotong Royong, dan Tradisionil dalam Pembangunan Desa Ngendut sejak kepemimpinan Kepala Desa yang dulu, budaya Gotong - royong masih  cukup tinggi, namun karena  perkembangan  Jaman Budaya  tersebut makin pudar .